Populasi kerbau di Asia Tenggara mengalami penurunan drastis selama periode 1990-2013. Oleh karena itu, perlu upaya konservasi sumber daya genetik, perbaikan mutu genetik dan optimalisasi pemanfaatan potensi rumpun kerbau lokal. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi polimorfisme DNA mikrosatelit, penanda genetik, dan jarak genetik populasi kerbau rawa lokal Sulawesi Tenggara dan perbandingannya dengan tiga populasi kerbau rawa lainnya berdasarkan DNA mikrosatelit. Sebanyak 40 sampel darah kerbau rawa lokal Sulawesi Tenggara dan 30 sampel darah yang berasal dari tiga populasi lain di Indonesia digunakan dalam penelitian ini. Sampel darah dikoleksi dari vena jugularis sebanyak 5 ml di dalam tabung vacutainer yang mengandung EDTA. Penanda DNA mirosatelit yang digunakan adalah lokus CSSM047, ILSTS011, dan BM1706. Ekstrasi DNA, amplifikasi DNA, dan elektroforesis dikerjakan di Laboratorium Geneika Molekuler Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Sedangkan analisis Fragment DNA menggunakan jasa dari Malaysia Genome Institute di Selangor Malaysia. Sampel DNA diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction. Produk PCR dilabel dengan primer FAM-labeled M13 (-21) universal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tiga lokus DNA mikrosatelit berhasil diamplifikasi. Ditemukan 10 alel pada lokus CSSM047 (A, B, C, D, E, F, G, H, I, dan J). Ukuran alel berkisar 132 – 168 bp, dan frekuensi alel berkisar 0,000 – 0,5000. Kerbau rawa lokal Sulawesi Tenggara memiliki 8 alel (A, B, C, D, E, F, G, dan J). Sedangkan genotipe yang ditemukan pada seluruh sampel sebanyak 15 genotipe (AJ, BB, BD, BF, CC, CD, CHIJ, CJ, DD, DF, DG, DI, DJ, EE, dan JJ). Frekuensi genotipe berkisar 0,000 – 0,400. Kerbau rawa Sulawesi Tenggara memiliki 11 genotipe (AJ, BB, BD, CC, CJ, DD, DF, DG, DJ, EE, dan JJ). Hasil penelitian disimpulkan bahwa kerbau rawa lokal Sulawesi Tenggara memiliki keragaman DNA mikrosatelit yang cukup tinggi, dimana frekuensi alel berkisar 0,000 – 0,500, dan frekuensi genotipe berkisar 0,000 – 0,400.
​